Praimfaya’nın devasa ateş ve radyasyon dalgası Polis şehrini ve sığınağın üstünü tamamen kaplarken; yeraltında Octavia Blake, 1200 kişiden oluşan "Wonkru" halkının mutlak lideri olarak 5 yıllık karanlık esarete resmen başlar. Adadaki laboratuvarda ise Bellamy, Raven, Murphy, Monty, Emori, Harper ve Echo, uzay mekiğini fırlatmak için saniyelerle yarışmaktadır.
Mekiğin uzayda Ark istasyonuna kenetlenebilmesi için adadaki ana kuleden siber sinyalin manuel olarak gönderilmesi gerekmektedir. Bu ölümcül görevi üstlenen Clarke Griffin, kuleye tırmanır ancak geri dönüş için zamanı kalmaz. Mekik fırlatılırken Clarke, yeryüzünde yaklaşan o devasa kızıl nükleer duvarla tek başına yüzleşir. Bellamy ve ekibi uzay boşluğuna ulaşmayı başarırken, Clarke’ın radyasyon dalgasının içinde yok oluşunu çaresizce izlerler.
[6 YIL SONRA]
Praimfaya’nın üzerinden 6 yıl geçmiştir. Yeryüzü tamamen çorak bir çöle dönmüşken, sadece tek bir yeşil vadi hayatta kalmıştır. Sentetik Gecekanı sayesinde Praimfaya’dan sağ çıkmayı başaran Clarke Griffin, yanında Madi adında küçük bir Gecekanı çocuğuyla birlikte hayatta kalmıştır. Gökyüzüne bakıp Bellamy’lere telsizle ulaşmaya çalışan Clarke, tam o sırada gökten düşen gizemli ve devasa bir askeri mahkum gemisinin (Gagarin) yeryüzüne inişine tanıklık eder. 5. sezonun fitili en büyük ters köşeyle ateşlenmiştir.